近代科学之所以能够日新月异的发展，自然有多方面的原因，但如果就学术内部运作机制来看，关键还在于高度自主和独立的学术社群之形成。就如傅斯年于一九二八年撰写《历史语言研究所工作之旨趣》所言:“集众的工作渐渐的成一切工作的模式了。”其时，蔡元培等一批留学欧美、且与南京国民政府关系密切的学术领袖，为推进中国的科学和学术研究，鼓吹效仿法国法兰西学院、德国科学院和苏联国家科学院，成立一个由政府提供财政支持，学者们进行自主和独立研究的中央研究院。在得到中央政治会议允准之后，傅斯年受蔡元培之托，负责筹建和主持了历史语言研究所。有着在英国、德国游学七年经历的傅斯年，旁听过实验心理学、量子力学，后对德国历史语言学研究感兴趣，自然十分了解近代学术体制化(institutionalization)的重要意义，强调:“历史学和语言学发展到今天，已经不容易由个人做孤立的研究了，他既靠图书馆或学会供给他材料，靠团体为他寻材料，并且须得在一个研究的环境中，才能大家互相补其所不能，互相引会，互相订正，于是乎孤立的制作渐渐的难，渐渐的无意谓。”
的确，在西欧历史演进中，犹商品经济繁荣和城市化发展全在于一个相对自主和独立的市民社会之形成，学术研究体制化推进了各种学术社群(learned societies)的创设，同样也将学术自主与独立性作为核心追求。早在一一○○至一二○○年，在西班牙的阿拉伯学者，将亚里士多德、欧几里得、托勒密等一批希腊哲学和罗马法律著作翻译出来，先传到了意大利，后遍及整个西欧。此时西欧商品经济日趋复苏，人口增加迅速，不仅教皇需要神职人员和教会管理人士，国王需要行政和司法官员；逐渐兴起的城市，也需要繁荣城市文化的诗人、作家和通晓法律、医学和经济事务的专业人士。一二○○年前后，在意大利的萨莱诺(Salerno)、博洛尼亚(Bologna)和法国巴黎出现了最早的大学。来自拉丁文的“大学”(university)一词，最初只是指一些人群的总和(totality of group)，既可指理发师、木匠，也可指大学生，没有后人所赋予的“普遍万物”(universe)或“普世性知识”(universality of learning)的意涵。博洛尼亚的学生来自意大利各地、甚有远至阿尔卑斯以南，即今法国南部、瑞士和奥地利等地。他们组织起被称之为“大学”的团体，首先是要对付那些看到学生人数增加，房源紧张，处心积虑提高房租的房东。为得到合理价格，学生们派出代表与房东交涉，声称如果房租上涨太快，他们将集体离开。接着，“大学”还要对付学生们的“其他敌人”(other enemies)，即传授知识的教授们。“大学”要确保教授们不得随意增加学费，学生们付出学费之后，能够得到物有所值的知识传授。与之相应，教授们也组织了类似行会(gild)的学院(college)，以避免同行间为争夺生源的恶性竞争，并阻止那些没有经过同行投票评议，或未能通过“硕士”、“博士”学位答辩，擅自开设课程，与之争抢饭碗的外来者。再至十四至十五世纪前后，这些在意大利、法国的最早大学，以及英国的牛津、剑桥大学先后或得到教皇，或得到国王的特许，具有了免受任何行政权力无端干涉的自主和独立办学权(Charles Homer Haskins， the Rise of Universities， New York， Henry Holt and Company， 1923，pp.14—16)。
有形大学的出现，只是其时学术社群追求学术自主和独立性的第一步。因为不论对于大学生、教授，抑或教皇、国王来说，组成和给予大学和学院特许状的动机，都在于最大限度谋取自身利益。大学本是一有着各种等级制度及复杂人际关系的名利场，常常发生以假乱真，或劣币驱逐良币之事，学者们难以远离尘嚣，自主和独立地进行精深的专业研究。至少在洪堡(Friedrich Wilhelm Christian Carl Ferdnant von Humboldt，1767—1835)大力倡导学术自主和学术自由理念。在德国的研究性大学兴起之前，包括像牛津、剑桥在内的欧洲各大学校园，充满了尔虞我诈、投机钻营的市侩气息。一七四○至一七四六年，亚当·斯密在牛津就学。他说该校大多数老师如同南洋土人一样，不懂得什么是自然科学的研究程序和意义，课堂里净是些“低劣的讲解”和“毫无意义的讨论”。一七八八年，一位外国旅游者参加了牛津公开讨论会，看到的是充当主席的提案辩护人和三个反对提案的人，根本不发言，只是专心阅读流行小说。斯密在《国富论》中写道，这里的“教授，简直连表面上装作教师，也不装了”。当斯密离开不久，后来撰写不朽的《罗马帝国的衰亡史》的吉本，也到牛津住读，其指导教师除规定的一门课程外，一点儿也不多教。作为乡绅出身的自费生，吉本有权在教员公用休息室里喝茶，从而可以听到教师的谈话。然而，他说自己从来没有听到教师们谈论文学和科学方面的事情，听到的“只是谈论大学杂务，托利党的内部斗争、个人轶事、私人丑闻等等”。晚于吉本几年，边沁也说过类似的话:即若想在牛津治学是不可能的，那几年是他一生中最为徒劳无益的岁月。这也难怪斯密在牛津的六年时间里，所有的时间都用于自己的阅读和思考，并称:“就这点来说，当时教师们懒惰散漫、无所用心，也许倒是件好事。”(约翰·雷:《亚当·斯密传》，胡企林等译，商务印书馆一九八三年版，20—22页)
作为学术社群进一步追求学术自主和独立的里程碑式发展，是些有形学院相对的专业学会，或被称为“无形学院”(the invisible college)的创建。一6.4五年前后，十多位年轻的科学爱好者聚会伦敦，成立一个午餐俱乐部。他们议决每人出一先令作为会议费用，每周讨论一次当时被称之为“新哲学”(new philosophy)，即今天所说的“科学”(science)。一六六○年，英国内战结束，这些新哲学的研究者们恢复了中断已久的聚会，集中讨论那些在当时大学里被视为雕虫小技或被视为不务正业的物理、化学、天文等实验哲学。十一月十八日，在出席格雷沙姆学院天文学教授克里斯托弗·雷恩(Christopher Wren)的演讲会之后，十二位有志于促进新哲学的积极分子拟定了一份四十人的名单，宣布将成立一个促进物理、数学的实验科学学会，并商定每周三下午三点集会。一六六二年，国王给他们颁发了皇家特许状，将之定名为“皇家学会”。翌年，国王再赐给学会一根镀金执权杖，每当召开学会理事会或学术会议时，摆在主席面前，以示郑重和高贵。一六六三年，国王第二张特许状又赐给皇家学会以纹章，上面刻有霍拉斯的一句格言:“我不追随任何权威，也不要求上帝保佑。我不需要尊敬任何大师的言语。”这就是说学会不盲目承认由古今任何哲学家们提出的假设、自然哲学的规律与学说；不盲目承认任何现象的解释；更不会武断地给科学事物的规律下定义。如果就学术体制化的发展来看，作为国王特许的独立法人，学会由会员组织，会员每年交纳会费，无需任何形式上的政府批准，就可制定章程、选举学会领导和管理人员。为了避免无谓的意志争执，学会议决不得在聚会时讨论政治问题和宗教事务，专心致志于纯粹的学术问题。用著名科学史家迈克尔·亨特(Michael Hunter)教授的话说:如果要讨论“新哲学”之所以被“确立”，不能仅注意早期皇家学会的运作，且还应思考这一科学研究体制化的影响。(Michael C. W. Hunter， Establishing the New Science: The Experience of the Early Royal Society， the Boydell Press，1989， p.42.)
此后的发展证明，不同于当时各大学的推崇权威、迷信教条，注重等级和资历。专业学会则是专业研究者们面对面，或以通讯进行平等学术交流的平台，不分阶级、年龄、种族、性别和国籍，唯在于能让同行信服的研究能力和水平。一六六二年加入皇家学会的胡克(Robert Hooke)，学术地位低下，曾给波义耳(Robert Boyle，1627—1691)担任过八年实验助手，证实了著名的“波义耳定律”。一六六七年，这位虽没有大学学历，却有着惊人的实验能力和科学探索热情的胡克，遂被皇家学会聘为秘书，并在其位近二十年。正是他对牛顿光学理论的严格挑剔，迫使牛顿后来做了大量在原始论文中没有做的考察，并不得不以补充实验去检验此前没有考虑到的一些理论问题。同样，学会鼓励原创性研究，在同行严格评议之下，最重要的研究成果总是能被及时发现和承认。一八二八年，达尔文转入剑桥大学基督学院。由于他不专心致志地学习神学，只对收集昆虫标本感兴趣，被导师视为“懒惰和游手好闲”，没有获得学位。一八三九年，达尔文以杰出的生物学才能，被选为皇家学会会员。一八五三年，作为被承认的生物学家，他获得了学会颁发的皇家奖章(Royal Medal)。一八五九年，达尔文出版了《物种起源》(Origin of Species)，得到了学术界的高度注意。比较而言，连美国哲学联合会(American Philosophical Society)于一八六九年授予达尔文名誉会员，而其母校剑桥大学则在《物种起源》出版二十年后，方授予他一个名誉学位。尤其在那个民族国家形成的年代里，学会始终坚持学术无国界的原则，矢志于“同世界各地所能找到的最富有哲学思想和好奇的人物进行交往”。在美国独立战争之时，两国处在敌对状态，皇家学会仍然保留了一七五六年被选为会员的富兰克林的会籍，并支持着他关于闪电争论的观点。第一次世界大战时，学会否决了从会员名单中清除“敌对外国人的动议”。第一次世纪大战，乃至第二次世界大战结束时，所有德国的外籍会员都保留着会籍。会员成员们坚信:促进科学发展的，是实验和观测，而不是权威，这都有赖于不分种族和信仰的学者之间的交流(中国科学院图书馆情报室编:《英国皇家学会简史:一六六○年至一九六○年》，中国科学院计划局一九七九年版，18页)。
反观这种专业学会在中国的发展，如果仅就学术自主和独立性之追求而言，恐怕非如梁启超在戊戌前夕，为动员士人参政撰写的《变法通议》中所言:是中国两千年之成法也。原因或在于历史上中国学术的重心在文献，或文本意义上的经史之学。学者研究经史，大抵二三素心之人，独处一室，覃思史事，参伍错综，比物连类，以相参照；不一定非要像自然科学研究，尤其如近代意义上的物理学、解剖学、几何学、天文学、航海术、静力学、磁学、化学、机械学等研究那样，除研究对象的内在要求之外，还必须考虑到对其他研究者可以推知的批判态度或实际批评的反应的影响，通过各种能被他人反复检验的实验，以证明结论的真理性。当然，历史上的中国学人也有互出所学以相质者，但那多是个人间的交流，从未形成类似欧洲近代那样学术体制化的创设。明末清初著名学者顾炎武，四十五岁后以二马二骡，载书北游，先在莱州、青州、邹平等地会见诸位北方鸿学大儒，后又在太原会见考据学大师阎若璩。顾氏以所撰《日知录》相质，阎氏为改订五十余条，顾氏虚心从之。此外，中国历史上虽也有读书人的结社，如梁启超所举明末的东林、复社，但这就像戊戌之时的保国会，更多还是一个抨击时政、臧否人物的政治或道德社团，而非近代集众的专业学术研究。至于一些地方草根性的读书人会社，更只是唤群蒙、挽颓波，绝无自主和独立地推进专业学术研究之考量。一八五五年，上海县盘龙镇读书人成立戒淫会，约定入会之人，择一吉日，恭祀文武帝君，并将乡贯姓名填在戒淫单上，签押焚化，以期不负此盟；家中一切淫书小说，搜出焚化，地方上或有淫戏及弹唱淫词者，尽力加以劝止；每日清晨将劝戒格言，庄诵几章，凡动静之断，务必战战兢兢；同人会晤，须谈去邪归上之方，而非秽事；至帝君诞日，各备香烛，亲至座前，虔诚上告，于众人聚集之时，宣讲格言教条，俾乡里有所观感。这些读书人相信:“我等既设此举，必有人指为迂腐者，抑知古圣贤于淫恶，垂训谆谆，岂名训不足法耶？抑岂今人高出古人上耶？凡志士当坚持久远，以祈转移流俗，毋反为流俗所转移。”(金惟鳌纂:《盘龙镇志》光绪元年(一八七五)修，《中国地方志集成》(2)，661—662页)
