1996年，在威尼斯双年展第二个百年刚开始的时候，就准备着力对机构进行改革，主要有三项重要改革，其中之一就是是机构部分私有化。意大利副总理瓦尔特·维特尼(Walter Veltroni)大力支持关于改革的多项提案，并且他提出将双年展机构转型为一个具有企业文化的机构，这样就可以让私人得以参与机构内部管理。
12月14日，一个济济一堂的会议在圣乔治奥小岛(Fondazione Cini)召开，会议主要围绕30位受邀请的发言人对改革各方面的陈述。正如每次改革都会遇到类似的情况一样，一些人主张废除其他国家参与管理双年展的权利，而这些主张者却忽略了那些国家馆是各国自己出资修建并负责维护的，这是当年安东尼·弗拉德里(Antonio Fradeletto)制定的一项牢不可催的政策，也是双年展多年来得以顺利开展的重要保障。庆幸的是，其中一位发言人的讲话引起了所有人的关注，他讲到，这些年来每届双年展的开支都大于意大利本国的花费，如果要革除其他国家参与管理，那么双年展所有的费用将由意大利本国承担。
在11月30日之前，董事会已经提名菲利斯·劳达德(Felice Laudadio)任电影节的总负责人，同时，为了策划好1997年的双年展的视觉艺术，贫困艺术理论家杰马诺·切兰特(Germano Celant)负责海报的设计。
由汉斯·霍莱恩主办的第六届国际建筑展：未来的传感器——作为地震的建筑师，展出了国际大师级的艺术家约30件当代建筑作品，霍莱恩亲自主持了颁奖仪式，为三位建筑师颁发终身成就奖。这三位建筑师分别是意大利的伊格纳齐·加德拉(Ignazio Gardella)，美国的菲利普·约翰逊(Philip Johnson )和巴西的奥斯卡·尼迈耶((Oscar Niemeyer) 。在9月末的时候，举行了由马里奥.迈希尼斯(Mario Messinis)指导的题为“四个肖像”的小型音乐节。
1997年3月，双年展选出了电影评论家里诺·密西切(Lino Micciche)担任董事会主席。甘弗兰·彭特(Gianfranco Pontel)任执行总督导，他以前是凤凰剧院的主管。密西切宣布这次的提名将是新法规改革的开始，这会从根本上改变双年展机构的组织结构。
切兰特组办的双年展(1997)
杰马诺·切兰特组办的展览提议在年初被采纳。在这次展览中有很多被邀请的艺术家是来自美国，这些艺术家有吉姆·丹尼特(Jim Dinet)、 克洛斯·奥登伯格、罗伊·里奇藤斯坦和苏·勒维特(Sol Lewitt), 还有杰夫·昆斯等。所以有人将这届双年展戏称为“美国”双年展。
5月的时候，有两项终身成就“金狮”奖颁发给了威尼斯艺术家艾米丽奥·维多瓦(Emilio Vedova)和美国艺术家艾格尼·马丁(Agnes Martin)。
这次切兰特组办的双年展很少引起人们的兴趣，前来观看的人次不足14万。一位《纽约时报》的评论家写到：这是有史以来见过最差的双年展，切兰特在意大利馆准备的展览实在让人“尴尬”，因为那个展览明显地被商业操控了，除了一些艺术家在科雷尔博物馆展览以外，意大利官方的参与是授权恩佐·库奇、埃托·斯巴雷蒂和马里佐尔·卡特兰去参加的。在圣马可广场的科雷尔博物馆展出了安塞姆·基弗的作品，他的作品壮美而令人激动。从国际评审团开除马力·卡尔维斯(Maurizio Calvesi)引起了很大的争议，因为卡尔维斯本想把绘画大奖评给基弗。本届“金狮”奖颁给了来自塞尔维亚的玛丽娜·阿布拉莫维奇(Marina Abramovic)，她的行为艺术《巴尔干巴洛克》富有戏剧般的色彩，她将自己埋在一堆血淋淋的牛骨头中，唱着断人肝肠挽歌，应和着波斯尼亚悲惨而凶猛战祸。她连续四天每天六小时，她哼唱悼念歌曲，蹲坐如山的淌血火红牛骨之间，从牛骨上刷洗下微存的血末，作为艺术家对世界战争与残忍暴行的低喃抗议。另一项“金狮”奖颁给了来自德国的艺术家格哈特·里希特，因为评审团一致认为里希特为二十世纪绘画作出了特定的贡献。另一项奖颁给了托比斯•里赫伯格(Tobias Rehberger)。
人们普遍认为切兰特组办的这届展览是“花哨而没有灵魂”，甚至到了展览快结束时，一些需要赞助的项目还根本没有收到资金。《艺术报》(Il Giornale dell’Arte)头条消息报道这届展览，并以“管理失败”为大标题，该文毫不留情地以数字的形式比较了这届展览和上一届展览的参观人数、到场媒体数量等差别。
改革条列变成法律，巴拉特时代的开始(1998)
1998年一开始也是充满了争议，争议的焦点主要是关于前一年意大利文化中心赞助人不够、建筑部负责人的提名、新董事会成员的选定等问题。原双年展董事会主席里诺·密西切为双年展的健康发展作出了艰苦努力。他本可以直接提名弗兰西斯科·达·科(Francisco Dal Co)任建筑部负责人，但却由于资金的短缺而没能实现。
2月初，《官方公报》(Gazzetta Ufficiale)发表过双年展改革私有化的条令。威尼斯储蓄基金会的总裁贵里安·塞格里(Giuliano Segre)告诉媒体：“双年展的改革法案不能预见未来财政的衰涨，也不会影响其他利益的增减”。私有化最终将成为双年展的企业文化的一部分。保罗·巴拉特(Paolo Baratta)在3月份出人意料地当选为双年展主席(巴拉特在政治和行政管理方面都很有经验，他以前是钱皮和迪尼政府时期的部长)。
但也有些人反对巴拉特的领导，里卡多·卡李曼(Riccardo Calimani)就是其中之一。他与巴拉特有着太多的冲突，以至中途离职，巴拉特对他的离去感到很意外，只得在7月份时聘请了卡塞尔文献展的负责人塞曼(Harald Szeemann)为视觉艺术部经理，马森·福克萨斯(Massimiliano Fuksas)为建筑部经理，卡洛琳·卡森(Carolyn Carson)为舞蹈艺术部经理。这三个人的名字在国际上都是享有盛誉的。对于招聘外国人来管理威尼斯双年展，人们不再持有异议，意大利人开始接纳任何有才能的专家来服务双年展。
11月份，巴拉特宣布重新启用原来那些旧造船厂、军械库和曾经废弃的威尔第歌剧院(Teatro Verdi)来扩展双年展的使用场地。第二年在军械库用原海军电影院和在特斯建了两个小剧场，离展览中心公园的接近成为得天独厚的地势，这就使得巴拉特的计划更容易实施。但是现在这几个地方没再使用，它们只是双年展的备用空间和用来存放历史档案。巴拉特在职期间的领导扩大了双年展的使用场地，也巩固了双年展机构的管理层机构。
